La ciudad ha sido punto de encuentro de diferentes culturas y civilizaciones. En 2006, en una zona próxima al colegio Seminario, se encontraron restos datados entre el 3000 y el 2500 a. C., muy anteriores a Tartessos. El hallazgo de dos depósitos cilíndricos con alrededor de unas treinta piezas de deidades prehistóricas, la mayor conocida hasta el momento, situarían en la capital onubense «el poblamiento continuado más antiguo de la Península Ibérica». Pese a todo, los historiadores coinciden en señalar el año 1000 a. C. como el de la fundación del núcleo urbano por parte de los fenicios con el nombre de Onoba, en la parte baja de la actual ciudad y situada extramuros de un enclave tartesio que ocupaba la actual parte alta.
- Los Colombinos: Es una ruta, declarada conjunto histórico artístico de la provincia de Huelva, en torno a aquellos lugares andaluces que tuvieron una especial relevancia en la preparación y la realización del primer viaje de Cristobal Colon , que dio como resultado el descubrimiento de América. En la actualidad, la Junta de Andalucía, prepara la declaración de "Sitio histórico" de los Lugares Colombinos. También se ha iniciado el proceso para la declaración como Patrimonio de la Humnidad.
En concreto, son dos localidades de la provincia de Huelva: una es Palos de la Frontera (dentro de su término municipal se encuentra además elmonasterio de La Rábida), y la otra localidad es Moguer. Esos lugares fueron frecuentados en múltiples ocasiones por el almirante, en ellos recibió ayuda y colaboración para el proyecto que pretendía realizar, los franciscanos del Monasterio de la Rábida, los hermanos Pinzón de Palos de la Frontera, los hermanos Niño de Moguer y otras prestigiosas familias marineras de la zona tuvieron una destacada participación en la empresa descubridora.
La zona, después del descubrimiento de América sufrió un fuerte retroceso, especialmente Palos, debido entre otras cosas a la emigración hacía las nuevas tierras descubiertas. El olvido de los hechos protagonizados por estos lugares fue, en parte, corregido gracias a Washington Irving, que gracias a su viaje por estas tierras, su diario y escritos sobre los días que vivió en la zona, hicieron que se despertara el interés de historiadores y de otros estudiosos por los lugares protagonistas del primer viaje de Colón.
Los Lugares colombinos mantienen fuertes vínculos de unión con el mundo iberoamericano y son el principal referente histórico y cultural de la provincia de Huelva.
- Castillo de Cortegana: Es una fortaleza medieval levantada en la localidad onubense de Cortegana , Andalucia ( España). Construido como medio de defensa ante los portugueses por su situación de cercanía a la frontera en la actualidad se ha convertido en museo y epicentro de celebración de la Feria Mediaval de Cortegana.
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